Web/ link penyedia software kimia komputasi

Berikut ini ada beberapa web/ link penyedia software yang berhubungan dengan kimia komputasi :

1. http://www.dr-software.com/
2. scistore.cambridgesoft.com/Chem
3. http://users.ugent.de/~tkuppens/chem.shtml
4. http://www.chemistry-software.com/
5. http://www.compuchem.com/ecells.htm
6. http://www.chem4free.info/mcdalton
7. http://www.l-chem.com/
8. http://www.chemometrix.ua.ac.be/dl/acidbase/
9. http://www.orbitals.com/orb 

Sumber : http://www.dr-software.com/ dan http://himka-uin.webs.com/apps/blog/

Chem Office

Chem Office

Chem office adalah sebuah program yang bisa membuat gambar-gambar zat kimia dapat berupa molekul sederhana maupun kompleks. Selain itu, dapat dipelajari juga cara pergerakan dan perputaran dari aplikasi 3D nya.

ChemOffice digunakan untuk menggambar secara 2 dimensi (2-D) dan 3 dimensi (3-D). Struktur 2-D akan terlihat dalam satu bidang datar, sedangkan struktur 3-d akan terlihat seperti struktur ruang.  Apalagi bisa d setting dengan kecepatan perputarannya dan bisa mengetahui stabil d kecepatan berapa. Jika kamu belajar Adsorpsi mungkin itu bisa jadi pembelajaran kamu.

Dan bisa mengetahui rumus keseimbangannya.

Sumber : http://www.artikelkimia.info/membuat-rumus-kimia-dengan-chem-office-28481629082011,http://logku.blogspot.com/2011/01/software-untuk-menggambar-struktur-3-d.html, 

http://flexaero.blogspot.com/2012/01/cara-menggunakan-chemoffice.html

Istilah dalam Kimia Komputasi

• Mekanika statistik adalah cara matematika untuk mengekstrapolasi sifat termodinamika dari materi secara keseluruhan (bulk) berpijak pada gambaran molekular dari sistem kimia.
• ab initio merupakan salah satu metode perhitungan kimia selain metode mekanika kuantum semiempiris atau pun metode mekanika molekuler.
• Molecular modeling merupakan suatu metode untuk merancang dan menganalisis struktur dan sifat-sifat molekul tertentu dengan mengunakan teknik kimia komputasional dan teknik visualisasi grafis yang bertujuan untuk menyediakan struktur geometri tiga dimensi yang sesuai dengan parameter kondisi yang telah ditentukan. (Leach, 2001).
• OV (Orbital Viewer) adalah perangkat lunak gratis untuk menggambarkan orbital atom dan molekul, membuat animasi maupun untuk melihat penampang lintang (struktur dalam) orbital. Dapat pula dibuat gambar 3D (yang dapat dilihat dengan kacamata 3D sperti yang digunakan untuk melihat sinetron 3D). (Modul Struktur dan Kereaktifan Kimia Anorganik, Dr. Ismunandar)
• Semiempiris adalah bentuk pendekatan penyelesaian persamaan Schrodinger tapi tidak begitu menghitung korelasi elektron-elektron seperti ab initio.
• Struktur-properti hubungan yang kualitatif atau kuantitatif didefinisikan secara empiris hubungan antara struktur molekul dan sifat diamati.
• Visualisasi data adalah proses menampilkan informasi dalam jenis representasi piktorial atau grafis. 
• Molecular docking merupakan suatu teknik yang digunakan untuk mempelajari interaksi yang terjadi dari suatu kompleks molekul. Molecular docking dapat memprediksikan orientasi dari suatu molekul ke molekul yang lain ketika berikatan membentuk kompleks yang stabil.
• BS (Balls & Sticks) adalah perangkat lunak gratis untuk menggambarkan struktur kimia, terutama kristal, dalam 3D dan dapat menghasilkan gambar bitmap yang dapat disalin ke clipboard dan ditempelkan (paste) di dokumen pengolah kata (Word misalnya).
• Orbital Gaussian atau Gaussian type orbitals (GTOs) adalah fungsi matematika yang menyatakan orbital atomdalam perhitungan orbital molekul. Istilah ini umum digunakan dalam kimia komputasi.

Sumber : http://chittaputri.blogspot.com/2011/12/istilah-dalam-kimia-komputasi.html dan http://tunasalamuin.blogspot.com/2011/12/istilah-istilah-pada-kimia-komputasi-2.html

Manfaat Kimia Komputasi untuk Penelitian

Manfaat Kimia Komputasi untuk Penelitian

•  Untuk menemukan titik awal untuk sintesis dalam laboratorium
•  Untuk menjelajahi mekanisme reaksi dan menjelaskan penamatan pada reaksi di   laboratorium
• Untuk memahami sifat dan perubahan pada sistem makroskopis melalui simulasi yang berlandaskan hukum-hukum interaksi yang ada dalam sistem

• Kimia Komputasi digunakan sebagai panduan (Guiding) ekperimen Kimia

Kimia komputasi dapat digunakan sebagai pemanadu dalam menjelankan eksperimen kimia. Sebagai contoh bila ingin melakukan eksperimen kimia yang melibatkan unsur radioaktif yang sangat berbahaya tentu kita tidak bisa lakukan dengan coba-coba atau try and error karena resikonya besar. Selain perlu biaya besar tentu resiko terhadap kesehatan kita sangat berbahaya. Sehingga untuk mengantisipasi berbagai kemungkinan yang terjadi dapat dilakukan simulasi atau modeling unsur yang akan dilakukan uji dalam simulasi atau permodelan kimia komputasi terlebih dahulu. Contoh lain misalnya dalam produksi obat baru untuk menghasilkan obat yang lebih baik. Tentu perlu uji coba untuk menghasilkan obat baru yang lebih baik dengan kemampuan yang lebih tinggi. Nah ini jika dilakukan dilaboratorium tentu memerlukan biaya besar, tenaga yang cukup dan ketekunan yang tinggi. Sekarang ternyata untuk meghasilkan obat yang baru dengan kualitas yang baik tidak perlu melakukan eksperimen dengan meode try and error, namun kita dapat mengujinya terlebih dahulu secara komputasi sebelum dilakukan eksperimen, sehingga dapat menurunkan cost dan resiko yang akan kita hadapi.

• Kimia komputasi sebagai penganalisis hasil eksperimen
• Terkadang bila dalam sebuah penelitian banyak peneliti melakukan analisis hasil penelitiannya dengan menggunakan pembanding dan mencoba menganggap sama hasil yang diperolehnya dengan standar yang digunakan dengan cara membandingkan secara kasap mata. Ini tentu tidak salah, namun alangkah baiknya kita menggunakan suatu metode yang dapat menganalisis dengan lebih akurat hasil yang diperoleh bukan hanya menganggap sama. sebagai contoh bila melakukan uji padatan dengan menggunakan Difraksi sinar X terhadap suatu padatan tentu akan diperoleh spektra. Selanjutnya untuk mengetahui kandungan sampel yang diuji dilakukan analisis dengan standar yang telah ada dan ditentukan kandungan dan jenis padatannya. Sebanarnya sebelum memutuskan kandungan dan kelompok padatannya kita dapat melakukan studi kimia komputasi dengan melihat spektra yang dihasilkan dari kimia komputasi dan membandingkan dengan spektra dari hasil uji alat. Selanjutnya baru disimpulkan kandungan dan kelompok padatannya. Hasil ini tentu lebih dapat dipertanggungjawabkan secara ilmiah. Contoh lain adalah dengan kimia komputasi kita dapat mengetahui fenomena apa yang terjadi dalam suatu eksperimen kimia yang secara eksperimen tidak dapat diketahui. Masih banyak hasil uji dari alat uji yang dapat di validasi dengan kimia komputasi. Sehingga dala menyimpulkan suatu hasil penelitian tidak mengambang.

Jika menggunakan kimia komputasi untuk menjawab suatu permasalahan kimia, hal yang tak terhindarkan adalah mempelajari bagaimana menggunakan perangkat lunak. Masalah yang tersembunyi dari aktivitas ini adalah kita memerlukan pengetahuan tentang seberapa baik jawaban yang akan kita dapat. Beberapa daftar pertanyaan yang dapat dibuat antara lain :
1. Seberapa akurat akan dapat kita prediksi hasilnya ?
2. Seberapa lama kita harapkan perhitungan akan selesai ?
3. Pendekatan apa yang harus dibuat ?
4. Apakah pendekatan yang digunakan dalam perhitungan sudah signifikan dengan masalah yang dikaji ?

"Jika kita tidak dapat menjawab pertanyaan tersebut, kita tidak akan mendapatkan proyek penelitian."

"Jika kita dapat jawaban akhir dari semua pertanyaan di atas, kita sekarang siap untuk melakukan perhitungan" 

 Sekarang kita harus menentukan perangkat lunak yang ada, berapa harganya dan bagaimana cara menggunakannya. Perlu dicatat bahwa, dua program yang sejenis mungkin akan menghitung sifat yang berbeda, sehingga kita harus meyakinkan diri mengenai program apa yang diperlukan.

Sumber : http://chittaputri.blogspot.com/2011/12/manfaat-kimia-komputasi-untuk_13.html

Manfaat Kimia Komputasi untuk Pembelajaran

Manfaat Kimia Komputasi untuk Pembelajaran

1. Dapat menghitung sifat molekul yang kompleks dan hasil perhitungannya berkorelasi secara signifikan dengan eksperimen.

2. Dapat sebagai alat hitung –seperti halnya kalkulator- untuk membantu penyelesaian secara numerik dari persamaan matematika yang menggambarkan sifat sistem, misalnya dalam penyelesaian perhitungan stokiometri, termasuk juga otomatisasi alat ukur yang dapat mengkonversi signal elektronik menjadi data numerik.

3. Dapat sebagai alat visualisasi dan animasi

4. Membantu kita mengeksplorasi sifat senyawa dan pada umumnya program tersebut telah dilengkapi dengan visualisasi dan animasi, seperti program HyperChem, Gaussian, Turbomol, Rasmol dll.

5. Menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan, padatan, dan Kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata.


6. Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan sistem besar bisa mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (mis. Proses denatrasi protein), perubahan fasa, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis) berdasarkan perilaku di tingkat atom.



Sumber : http://chittaputri.blogspot.com/2011/12/manfaat-kimia-komputasi-untuk.html

Hyperchem

Contoh analisa yang dapat dilakukan oleh software Hyperchem

Dengan HyperChem kita dapat mengeksplorasi model energi permukaan potensial klasik atau quantum dengan single point, geometry optimization atau transition state search calculations. Selain itu kita dapat juga mempelajari efek gerakan thermal dengan molecular dynamics, Langevin dynamics atau simulasi Metropolis dan Monte-Carlo.

Jenis Kalkulasi

Terdapat 4 tipe kalkulasi, kalkulasi single point, geometry optimization, vibrational frequency calculations dan transition state searching.

1. Kalkulasi single point dapat digunakan untuk menentukan energi molekul .
2. Kalkulasi geometry optimization menggunakan algoritma minimisasi energi untuk melokasikan struktur yang stabil. Tersedia 5 algoritma minimisasi.
3. Vibrational frequency calculations mencari mode vibrasi normal dari suatu struktur teroptimisasi. Sepktrum teroptimisasi dapat ditampilkan dan gerakan vibrasi yang berkaitan dengan transisi spesifik dapat dianimasikan.
4. Transition state searching melokasikan struktur metastabil yang bersesuaian dengan transition state menggunakan metoda Eigenvector Following atau Synchronous Transit. Sifat-sifat molekulernya kemudian dapat dikalkulasi.

Dua metoda untuk melokasikan transition state diimplementasikan di dalam HyperChem 5.

• Metoda Eigenvector Following sangat cocok digunakan untuk proses unimolecular atau setiap system molecular dimana mode vibrasi natural dari system cenderung menuju suatu transition state.
• Metoda transit Synchronous khususnya berguna jika reaktan dan produk sangat berbeda. Terdapat dua metodologi transit synchronous yang diimplementasikan di dalam HyperChem5. Metoda synchronous transit (LST).
1. Molecular dynamics simulations menghitung trayektori klasik untuk sistem molekular. Simulasi ini digunakan terutama untuk menghitung proses- proses yang tergantung kepada temperatur.
2. Langevin dynamics simulations untuk memodelkan efek tumbukan solven tanpa inklusi molekul-molekul solvent.
3. Simulasi Monte Carlo metropolis berguna untuk mengeksplorasi konfigurasi yang mungkin dari suatu sistem.

Gambar 4. Hasil kalkulasi Single Point, metoda semiempirik Am1, Besar Energi, gradien dan symetri dapat dilihat dibagian bawah workspace.

Sumber : Pelatihan Kimia Komputasi Dosen IBT, Yogyakarta, 14-26 Agustus 2000  Dasar-Dasar Kimia Komputasi Dalam Pemodelan Molekul

Software ChemTool

ChemTool, Pengkonversi Mol dan Massa Zat dari ChemPup

ChemTool sesungguhnya hanyalah sebuah file spreadsheet yang dirancang untuk penkonversian massa zat ke mol dan sebaliknya. Chemtool ini merupakan salah satu applet yang ada dalam Chempup seperti yang saya tulis di ChemPup, Applet Kimia pada Puppy Linux. Sangat sederhana namun cukup inspiratif. Ini tentu masih dapat dikembangkan lebih lanjut untuk pembuatan kalkulator khusus hanya dengan menggunakan spreadsheet. Saya sudah coba mengalihbahasakan ChemTool ini.

Ini adalah bentuk aslinya.

Berikutnya adalah hasil terjemahan dengan tidak mengubah rumus yang ada di dalam-nya.

Sumber :http://www.blogtopsites.com/outpost/32afa68bb97b7f15de355034f5b27934